Thalía a szólókarriert 1990-ben kezdte, miután 1989-ben kilépett a Timbiriche együttesből. Azóta tizenkét stúdióalbumot, két remixalbumot, két „greatest hits”-albumot, valamint egy akusztikus koncertalbumot készített. A Fonovisa Records ezen kívül számos különféle válogatásalbumot kiadott az első három szólólemezéből. Legnagyobb sikereit az En éxtasis, Amor a la mexicana, Arrasando és Thalía (2002) nagylemezeivel érte el.

1991-ben jelent meg második szólóalbuma, amely a Mundo de cristal címet viselte; ekkor már több dalfesztiválon is részt vett. 1992-ben harmadik lemezét Spanyolországban készítette el Love címmel.

1995-ben, három év kihagyás után komolyabban elkezdett foglalkozni az énekléssel, nemzetközi karrierének építésével. Emilio Estefan (a kubai származású énekesnő, Gloria Estefan férje) és Óscar López producerekkel készítette el a negyedik lemezét En éxtasis címmel. Ez az első, EMI által kiadott album megnyitotta számára az utat a nemzetközi hírnév felé. A kiadóváltás egyben teljes stílusváltást is jelentett, az énekesnő áttért az igényesebb latin pop műfajra. Az album valamennyi latin-amerikai országban, sőt az Egyesült Államokban is átütő siker volt, több mint egymillió példányban kelt el (később Európában is több helyen megjelent). Többszörös arany- és platinalemezzel díjazták.

1997-ben a Fülöp-szigeteken oly nagy népszerűségnek örvendett sorozatainak köszönhetően, hogy egy különleges albummal jutalmazta az ázsiai országot Nandito Ako címmel, amely saját és más slágerek feldolgozását tartalmazta a Fülöp-szigetek hivatalos nyelvén – tagalogul – és angolul. A lemez kiadása alkalmából a szigetekre utazott, ahol Quezon City kulcsát ajándékozták neki, valamint a város díszpolgárává avatták. Az amerikai kontinensen eközben további arany és platinalemezeket kapott az En éxtasis eladott példányaiért. Március 2-án kinevezték a Miami karnevál királynőjének, április 25-ét pedig a Los Angeles-i városi tanács Thalía napjává (Día de Thalía) nyilvánította karrierje elismeréseként. A sikersorozat folytatásaként Emilio Estefan producerrel elkészítette az Amor a la mexicana címet viselő albumát, amelyen népének gyökereihez visszatérve a dallamos vérpezsdítő mexikói-kubai ritmusoké volt a főszerep. Ezzel az albummal rótta le tartozását rajongói szeretetéért. A Mexikóvárosi Viaszmúzeumban leleplezték életnagyságú viaszfiguráját. Az EMI eközben újra kiadta az En éxtasist. Ennek és legújabb albumának eladott példányszámáért újabb arany- és platinalemezek tulajdonosa lett. Az Amor a la mexicana Európa több országában is megjelent, világszerte több mint hárommillió példányban kelt el.

Utolsó telenovellájának forgatása után 2000 első felében New Yorkban vette fel Emilio Estefannal legújabb, immár hetedik szólóalbumát Arrasando címmel, amelyen a tizenkét dal közül nyolc a saját szerzeménye. Az album, mexikói megjelenését követően már a második napon százezres példányszámban kelt el, első slágere, az Entre el mar y una estrella felkerült a neves amerikai Billboard zenei magazin Top Latin Songs listájának élére. Egy hónappal megjelenése után az album Spanyolországban már platinalemez volt. 2000. szeptemberben Thalía Magyarországra is ellátogatott vadonatúj lemezének európai bemutatóturnéja részeként, egyúttal Rosalinda című sorozatának hazai népszerűségéért megkapta a legnézettebb telenovella-hősnek járó díjat. 2000. december 2-án mondott igent Thomas Daniel Mottolának a New York-i Szent Patrik-katedrálisban fényűző esküvői szertartás keretében, és végleg az Egyesült Államokba költözött.

2001-ben különleges albumot készített: Thalía con banda – grandes éxitos, amelyen a legutóbbi három albumának legnagyobb slágereit adta elő jellegzetesen mexikói, klasszikus fúvószenekari, „rezesbanda” kíséretben. Az album néhány napon belül Mexikóban már aranylemez lett. Arrasando című albumával két kategóriában is nevezést nyert a II. Latin Grammy-díjra, amelynek kiosztó gálája a szeptember 11-ei amerikai terrortámadások miatt nem került megrendezésre. Az Arrasando Latin Grammy-díjat nyert a „Legjobb hangmérnöki közreműködés egy albumnál” (Mejor ingeniería de grabación para un álbum) kategóriában.

2002-ben kiadta új, Thalía című popalbumát, melynek stílusában – amire címe is egyben utal – valamennyire visszatért rockosabb gyökereihez. A bemutatkozó kislemez a Tú y yo, emellett kiemelkedik a szenvedélyes No me enseñaste című ballada, valamint egy régi spanyol sláger feldolgozása, az A quién le importa. A Thalía (2002) az énekesnő egyik legsikeresebb albumának tekinthető. Érdekesség, hogy a Tú y yo című dalt az albumról egy hongkongi lányegyüttes feldolgozta kínai nyelven.

Szeptember 22-én a nemzetközi sajtó bejelentette, hogy szervezett emberrabló csoport ötmillió dolláros váltságdíjat követelve elrabolta két nővérét, Laura Zapata színésznőt és Ernestina Sodi írónőt Mexikóvárosban. Thalía karrierje ezzel kettétört, törölte a betervezett promóciós útjait, és internetes oldalán keresztül kérte a rajongókat, hogy imádkozzanak nővérei kiszabadításáért. Laura 18, Ernestina 34 napot töltött az emberrablók fogságában. Testileg mindketten épségben úszták meg az esetet; az elkövetőket azóta elfogták.

2003 májusában készítette el az I Want You című dal videoklipjét, amely első – s idáig egyben utolsó – angol nyelvű albumának bemutatkozó slágere volt. A dalban a Fat Joe néven ismert rapper, José Cartagena működött közre. Miamiban megrendezték a Latin Zenei Billboard-díjátadó gálát, amelyen előző, Thalía című spanyol lemezével megnyerte az év latin popalbumáért járó trófeát (női kategóriában), valamint ugyanazért elvitte a közönségdíjat is. Júliusban jelent meg a várva várt angol nyelvű bemutatkozó albuma, szintén csak egyszerűen Thalía címmel, amelyen az addig megszokott latin zenétől eltérően valódi amerikai stílusú, R&B jellegű popzenét adott elő. Az album és bemutatkozó dala, az I Want You sok helyütt felkerült a slágerlisták előkelő helyeire; hazánkban a dal negyedik helyezést ért el a VIVA Chart Show-ban, az országszerte ismert VIVA zenei csatorna 40-es slágerlistáján. Bár az album a 11. helyen debütált az amerikai Billboard 200 lemezeladási listán, a következő héten az eladások jelentős mértékben visszaestek, a siker így nem volt hosszú életű.

2004-ben megjelent az EMI kiadó gondozásában az elmúlt tíz év legnagyobb slágereit tartalmazó Greatest Hits, illetve DVD-változata videoklipekkel. A promóció részeként Thalía megtartotta első (és máig egyben utolsó), High Voltage turné fantázianéven ismert koncertsorozatát. A turné április 27-étől május 16-áig tartott, melynek keretében Mexikóban (Guadalajara, Mexikóváros, Monterrey, Toluca) és az Egyesült Államokban (New York, Miami, Chicago, San Antonio, McAllen, El Paso, Los Angeles, San Diego, San José) adott telt házas koncerteket olyan kiemelkedő helyeken, mint a mexikóvárosi Auditorio Nacional vagy a Los Angeles-i Universal Amphitheater. A koncertsorozatot az Egyesült Államokban a Hershey’s cég finanszírozta.

2005. április 7-én fellépett a texasi énekesnő, Selena Quintanilla halálának tízéves évfordulója alkalmából rendezett Selena Vive! („Selena él!”) emlékkoncerten a houstoni Reliant Stadionban. Április 28-án szintén fellépett a Latin Zenei Billboard-díjak 2005 gáláján, ahol bemutatta új lemezének első, Amar sin ser amada című dalát. Az album, melyet Estéfano Salgado kolumbiai producerrel közösen készített, El sexto sentido („A hatodik érzék”) címmel július 19-én jelent meg Mexikóban, az Egyesült Államokban és Magyarországon.

2006-ban a mexikói „Megasztár”, a Cantando por un sueño („Énekléssel egy álomért”) című műsor tiszteletbeli házigazdája volt: a műsor betétdalát adta elő, amely három új dallal együtt felkerült az El sexto sentido új kiadására, az El sexto sentido Re+loaded albumra. Július 11-én kiadója, az EMI-Televisa koktélpartit rendezett, amelynek keretében El sexto sentido albumáért 2 platina- és 4 aranylemezt, valamint gyémántlemeznek megfelelő elismerést és emléktáblát kapott a világszerte több mint 12 millió példányban eladott lemezeiért.

2008. június 24-én jelent meg Lunada című albuma, amelyen az énekesnő újból Emilio Estefannal dolgozott együtt, és egy június 17-én, New Yorkban tartott sajtótájékoztató keretében mutatta be. A forró, nyári slágereket tartalmazó lemez elkészítésében Thalíát terhessége ihlette, amikor már alig várta, hogy ismét felvehesse a bikinit a tengerparton. Bemutatkozó slágere a Ten paciencia, de természetesen nem maradhatott el egy, a kislányának írt dal sem a lemezről, melynek címe Bendita. Július 17-én a Ten paciencia című dalával, hawaii lánynak öltözve, fellépett az Univision által rendezett Premios Juventud 2008 díjkiosztó gálán, ahol rendkívül látványos előadását követően – karrierje elismeréseként – a Díva díjat vehette át Eduardo Santamarinától, a show férfi házigazdájától.

2009. április 6-án hivatalos fórumán közzétett üzenetben elmondta, hogy az EMI-jal felbontotta a szerződését, és már folynak a tárgyalások egy új kiadóval. Jelenleg új albumán dolgozik, amelynek felvételét – egészségi állapotától függően – őszre tervezi. Egyúttal elismerte, hogy az EMI-nál lévő tulajdonosváltásból és átszervezésből adódó problémák miatt nem részesülhetett a Lunada promócióban, amihez betegsége (Lyme kór) is hozzájárult.

A 2009. július 20-ai héten több hírforrás közzétette, hogy az énekesnő szerződést írt alá a Sony Music Entertainment kiadóval, melynek keretében akusztikus CD/DVD-t készít. Ennek felvételére július 29–30-án került sor a floridai Coral Gablesben, a Miami Egyetem BankUnited Centerben. A produkció a 2008-ban indított Primera fila („Első sor”) című akusztikus kiadványsorozat (az MTV Unplugged latin megfelelője) második része. Bemutatkozó kislemeze az Equivocada című ballada, amelyet október 7-én adtak ki, a teljes album pedig az Egyesült Államokban és Latin-Amerikában december 1-jén, Spanyolországban és Görögországban 2010. március 16-án jelent meg.

A kiadvánnyal az énekesnő régi álma vált valóra: „Mindig is szerettem volna készíteni egy élő lemezt, de soha nem támogattak benne. Most megtaláltam hozzá a megfelelő csapatot” – nyilatkozta. A művésznő alapelgondolása e projekt vonatkozásában az volt, hogy szakít azokkal a sztereotípiákkal és előítéletekkel, melyek szerint csak egy „megcsinált sztár”, s kizárólag a zenére és a hangjára fókuszál; így sokkal természetesebb, egyszerűbb külsővel mutatkozott. A Primera fila: Thalía megjelenésének napján a legkeresettebb latin popalbum volt a mexikói és az amerikai iTunes online zeneáruházban; mindössze három napra rá, Mexikóban aranylemez lett. Az albumot Thalía nagy visszatérésének tekintették a slágerlisták élére, ami előző lemezénél elmaradt. 2010. február 18-án fellépett a XXII. Lo Nuestro-díjátadón, ahol egy egyveleget énekelt el a Qué será de ti, Entre el mar y una estrella és Amor a la mexicana című dalaiból, továbbá – 30 éves zenei pályafutásának elismeréseként – Gloria Estefan átadta neki a Jóvenes con Legado („Fiatalok nagy hagyatékkal”) trófeát. A Primera fila promóciója céljából április 12-én három napra Spanyolországba, Madridba, majd április 20-án Mexikóba utazott, ahol a Sony Music képviselői két platina- és egy aranylemezt adtak át neki az album sikerének elismeréseként. Érkezése a mexikóvárosi repülőtérre hatalmas tumultust és zűrzavart okozott: nemcsak rajongók és a sajtó tagjai voltak jelen tömegesen, hanem elsőként repülőtéri alkalmazottak köszöntötték és kértek tőle autogramot, közös fényképet.

A Sony Music México 2010. október 15-én bejelentette, hogy Thalía elérte a gyémántlemez minősítést a Primera fila eladásaival; ez a legmagasabb elismerés Mexikóban, amely egy lemez eladásaiért adható (300 000 eladott példánynak, azaz öt platinalemeznek felel meg), s rajta kívül mindössze néhány előadónak sikerült csak elérnie.

A Mexikói Nemzeti Zeneakadémia (Academia Nacional de la Música en México) 2010. november 4-én és 5-én rendezte meg a nyolcadik Oye! (Premio Nacional a la Música Grabada) díjátadót Monterreyben, melyen Thalía megnyerte a Solista femenina (Az év énekesnője) kategóriát. Az Oye! a Grammy-díjjal egyenértékű zenei elismerés Mexikóban.

2012. november 19-én megjelent a legújabb stúdióalbuma a Habitame Siempre.

Thalía zenéjére rengeteg előadó volt hatással eddig - nyilatkozta. Néhány ezek közül a The Doors, Frank Sinatra, Billie Holiday, Celine Dion, Sade ... és így tovább és tovább!